La piedra de Hontoria utilizada para la talla de la fuente de Santa María está en buen estado pero las condiciones climáticas de Burgos la afectan negativamente, sobre todo las heladas. Así se pone de manifiesto en las conclusiones del estudio previo a la rehabilitación realizado por la empresa G.L. 99 Arquitectura, Urbanismo y Gestión, que resultó adjudicataria del concurso convocado por el Ayuntamiento. Según su informe, la piedra presenta macro y microporidad y al estar empapada de agua se produce arenización en las zonas más expuestas a los ciclos de hielo y deshielo. En opinión de los expertos, la fuente. debido a su propia piedra y a la presencia de agua «va a continuar degradándose a lo largo de los años, por lo cual el estado patológico actual se va a seguir reproduciendo».