Las obras para la construcción del ferrocarril dividieron el terreno donde hoy se excavan los yacimientos de Atapuerca en la zona de la Trinchera. El de El Penal está situado casi frente de Gran Dolina, y se prevé que en unos años los trabajos en el yacimiento donde se halló al Homo antecessor (Pleistoceno Inferior) alcancen los niveles arqueológicos del Penal, por lo que se podrá trabajar simultáneamente en ambos yacimientos en niveles idénticos. Excavar en este emplazamiento permitirá completar y ampliar la información de los niveles inferiores de Gran Dolina con los que conecta a partir de TD-5. 

Para que se puede excavar en buenas condiciones, la Consejería de Cultura ha encargado la colocación de una cubierta de unos 300 metros cuadrados de superficie que permitirá proteger la zona. Pero no se podrá investigar este año porque acaba de salir a licitación y en menos de un mes comienza la campaña en la Trinchera. Así que las obras empezarán como pronto después del verano, una vez concluidos los trabajos de excavación en los yacimientos.

El proyecto tiene un presupuesto estimado de 266.000 euros y será financiado con fondos del Plan de Recuperación, Transformación y Resiliencia del programa Next Generation de la Unión Europea, dentro del Proyecto de Conservación y Restauración de Inmuebles BIC. 

Según el pliego, las obras tendrán una duración de tres meses. Se reciben ofertas hasta el día 22.