En lo relativo a Medicina, el HUBU solo tiene de universitario el nombre (Hospital Universitario de Burgos), porque no imparte formación reglada a ningún estudiante de sexto curso, que es práctico. Fuentes oficiales confirmaron que «no hay alumnos de sexto de Medicina en el HUBU este curso», pero la ausencia de aspirantes a médicos en prácticas se remonta al otoño de 2019, cuando la Universidad de Valladolid, a cuyo Campus estaban vinculados los hospitales públicos de Burgos, suprimió el programa docente con el hospital burgalés. En Burgos sí se forma a potenciales enfermeros, psicólogos e ingenieros de la salud.

El gerente del complejo en el otoño de 2019,  José María Romo, solicitó formalmente que se recuperaran las prácticas y argumentó de forma detallada las razones por los que el HUBU reunía las condiciones para preparar a estudiantes de Medicina; se adjuntó, incluso, una encuesta de satisfacción de jóvenes que se habían formado en el inmueble de Islas Baleares. Pero no hubo cambios y, ahora, la gerencia del hospital añade que «está previsto retomar la solicitud».

El complejo asistencial tiene convenios con todas las Universidades públicas de Castilla y León, la de Navarra, la UNED y la Isabel I. Pero ni en todas se imparte Medicina ni existe acuerdo específico que sustente una formación práctica reglada. De hecho, desde 2010, los hospitales públicos de Burgos estaban vinculados «en materia docente y de investigación en Ciencias de la Salud» a la Universidad de Valladolid y a la de Burgos, pero, a partir del 4 de octubre de 2021, solo están adscritos a la UBU. Así que la única alternativa para que el complejo vuelva a preparar médicos que aún no han terminado el grado es que el Campus burgalés implante Medicina o, también, que se firme otro acuerdo con una facultad. Cualquiera de las dos opciones ayudaría a Burgos a atraer especialistas, que es uno de los grandes problemas de la sanidad burgalesa.

La colaboración entre Universidades y hospitales en formación e investigación se regula a través de un protocolo marco que firma la Gerencia Regional de Salud (Sacyl) con las Universidades públicas de la Comunidad, pero que se matiza después en un acuerdo específico  con cada una.

Así, Sacyl y la UVA detallaron en diciembre de 2010 que entre los centros incluidos en el convenio estaban los tres hospitales de Sacyl y todos los centros de Atención Primaria en Burgos «para el grado, posgrado y máster en Medicina». Y se especificaba que «los estudiantes de la UVA tendrán preferencia sobre cualquier otro alumno para realizar prácticas clínicas en las instituciones sanitarias [...] de la Gerencia de Salud de Área de Burgos en los estudios de grado, posgrado y máster de Medicina»

En 2021 se renovó el Protocolo general de colaboración y también los convenios específicos con cada Universidad, pero, en el rubricado con la UVA, ya no aparece como adscrito ningún centro sanitario de Burgos. En el listado se mantienen los hospitales de Valladolid, Medina del Campo, Palencia, Segovia y Soria (así como todos los centros de salud de estas provincias). Y aunque se han adjuntado 'añadidos' a este convenio específico después de octubre de 2021, en lo relativo a la vinculación con los hospitales y la Atención Primaria  burgalesa no ha habido novedades.

Profesores asociados. En 2020, la UVA justificó la cancelación de las prácticas de sexto curso en el HUBU (lo que técnicamente se conoce como 'rotatorio') afirmando que había «problemas» en la designación de profesores asociados en Burgos; es decir, en la disponibilidad de especialistas del hospital dispuestos a ejercer como tutores y supervisores de los universitarios que decidieran formarse en la provincia. 

Esta afirmación se ha desmentido de forma categórica tanto en público como en privado por altos cargos del HUBUen distintos períodos, así como por  profesionales con responsabilidad en materia de docencia, pero es el argumento que se sigue empleando en la UVA cuando los alumnos preguntan por la posibilidad de cursar las prácticas clínicas obligatorias en la capital (ver información adjunta). Y, es más, hay quien añade que las trabas a la acreditación de los profesores asociados las puso siempre la Universidad de Valladolid.

Así, hace cuatro años que el HUBU dejó de preparar a estudiantes de Medicina de una provincia limítrofe mediante un plan reglado, pero, en cambio, mantiene el programa de colaboración en docencia con instituciones estadounidenses y otras españolas, aunque para períodos más cortos.