Los resultados de los análisis que efectúa periódicamente la Confederación Hidrográfica del Ebro (CHE) en las 53 masas de agua de la provincia burgalesa confirman que la calidad del agua de los ríos Ebro y Oca se mantiene «buena» a su paso por Las Merindades y la comarca burebana. Para obtener los datos, el organismo realiza muestras teniendo en cuenta indicadores biológicos, físico-químicos e hidromorfológicos. Asimismo, las aguas superficiales quedan determinadas por el estado ecológico -condición de la estructura y el funcionamiento de los ecosistemas acuáticos cuya escala de valoración se marca del «muy bueno, al bueno, moderado y deficiente» - y el químico -que refleja el grado de cumplimiento de las Normas de Calidad Ambiental (NCA) de las sustancias prioritarias y otros contaminantes-.
En términos generales, el porcentaje no ha sufrido variaciones en el último año, por lo que en la actualidad no existe ningún punto preocupante a lo largo de los 70 kilómetros de longitud del Oca. Ambos análisis demuestran que a su paso por trece localidades de la comarca, entre las que destacan Briviesca, Oña o Los Barrios de Bureba, cuenta con una calidad «buena». A tenor de los estudios ejecutados extraen un tercer valor, denominado «estado final», y en este caso la calidad se mantiene igual. La excepción se localiza en el lugar de su nacimiento (próximo a la localidad de Rábanos) hasta el río de Santa Casilda, también conocido como Zorita -incluyendo el Cerrata y el Embalse de Alba- que atraviesa Buezo, Rojas de Bureba, Quintanilla Cabe Rojas y Movilla, al continuar con un estado «moderado»; y desde este hasta el río Homino. A pesar de que sus estados químicos los cataloguen como «buenos», los finales los clasifican como «inferior a buenos».
Por otro lado, la CHE apunta que los tramos del río Ebro a su paso por el norte de la provincia también mantienen un estado final «bueno». En concreto, desde el Oca hasta el río Nela y la central de Trespaderne en la cola del embalse de Cillaperlata, desde la confluencia con el río Jerea en el azud de Cillaperlata hasta la unión con el Molinar y desde dicho punto hasta el río Purón no se han registrado variaciones. Los datos remarcan que tampoco ha habido cambios en las valoraciones del estado del Ebro desde la presa de Cereceda y el azud de Trespaderne hasta el río Oca, que se mantiene «bueno», al igual que el caudal que fluye a partir de la población de Puente Arenas a la cola del embalse de Cereceda.
El río Molinar, desde su nacimiento hasta su desembocadura en el río Ebro cerca de Frías, presenta un estado ecológico «muy bueno», químico «bueno» y un estado final «bueno», al igual que el punto en el que se ubica la confluencia con el Jerea en Cillaperlata, que deja a un lado Ranera, Tobera y la ciudad fredense. Del mismo modo, el organismo regulador califica la calidad de las aguas del río Oroncilllo desde el río Vallarta hasta su desembocadura en el Ebro como «buena».