El inicio de la tercera fase para remodelar el interior y ampliar el Monasterio de San Juan como un museo y espacio cultural está un poco más cerca. Tras mostrarse interesados en este concurso 27 estudios de España y de Europa, el Ayuntamiento finalmente ha recibido 19 proyectos. No obstante, los técnicos municipales decidieron excluir durante la apertura de los sobres con las ideas una de las propuestas al desvelarse la identidad de sus autores.

De este modo, serán 18 las opciones que se jugarán, a partir del próximo mes de septiembre, el honor de ser la elegida. De momento solo se conoce el nombre de las obras -'De Lourin', 'Atando Cabos', L'ombra della Sera', 'Umbral', 'Matrioska', 'Plug-in' o 'Strata' son algunas-. El jurado, formado por arquitectos municipales, del Colegio de Arquitectos y de la Junta de Castilla y León o de la dirección del Museo de Burgos, asignará de forma individual una serie de puntos a cada creación hasta poder clasificar los trabajos.

 Los proyectos deberán establecer una solución para intervenir en el interior del inmueble a través de la mejora de la carpintería, de las instalaciones eléctricas y del saneamiento y la eliminación de barreras con la instalación de ascensor.

 También se prevé una nueva configuración del acceso y de la recepción, que se ubicará aprovechando el patio-jardín situado a la derecha según se mira a la entrada principal y que da al lateral de la Biblioteca Pública. La idea es hacer una rehabilitación integral del interior y mejorar la accesibilidad de cara a convertir el inmueble en un centro de referencia e integrarlo dentro de la ruta de museos de la ciudad.

El fin último es modernizar las salas y dotarlas de contenido. En un principio se mantendrá la obra permanente de Marceliano Santa María, pero también se prevé que acoja obras de otros autores y de carácter temporal, de ahí la necesidad de hacer un continente moderno y adaptado a las obras contemporáneas que se puedan llegar a exponer.

Cabe recordar que en los años 80 y 90 se realizaron varias obras de remodelación y consolidación, pero fue en 2015 cuando se llevó a cabo una gran intervención con la instalación de una cubierta sobre el espacio exterior de los restos de la antigua iglesia, que recibió diversos reconocimientos entre los que destaca el premio Europa Nostra 2017.

Más intervenciones. La segunda fase de reforma se inició en mayo de 2019 con el objetivo de modernizar el inmueble y lograr un espacio cultural y museístico más funcional y moderno con una inversión de 2 millones a cargo del Ayuntamiento distribuidos en tres anualidades.

Tras el arreglo de la espadaña y la limpieza de parte de la fachada se instaló una cubierta de madera en el claustro para permitir el uso de este espacio todo el año. También se realizaron obras en el interior, como nuevos aseos en la planta sótano y sustitución de las carpinterías. Ahora se acometería la tercera y última fase para dejar el edificio en perfectas condiciones. 

Según las primeras estimaciones del Ayuntamiento de Burgos, la ejecución material rondaría los dos millones de euros, mientras que el valor del contrato de redacción del proyecto es de aproximadamente 270.000 euros.