El extracto de las conclusiones del jurado del concurso para el MEH clarifica a la perfección por qué ganó la propuesta de Juan Navarro. Otras quizás eran más «espectaculares», en el buen y en el mal sentido de la palabra, pero quizás por eso mismo acabaron resultando poco realistas a ojos de quienes se encargaron de evaluarlas. Y en el caso del ganador fueron meridianamente claros en sus argumentos a favor:

1) Juan Navarro: Un nuevo mirador, un lugar cívico y con sensibilidad  

El acta elaborada en la tarde del 22 de junio de 2000 recoge, en el caso del proyecto ganador, que «el jurado valora especialmente la resolución articulada de un programa complejo en un conjunto único en el que las distintas partes quedan claramente identificadas. Asimismo, valora la relación topográfica del edificio con su entorno gracias a la plataforma elevada de su entrada  y a su condición de mirador». Además, a su juicio «resulta también muy positiva la explícita exposición central del Museo en relación al conjunto y  la riqueza de situaciones que su espacio interior va a permitir. El gran atrio que engloba al Museo no será sólo un espacio contenedor del mismo sino un espacio cívico en continuidad con la plaza pública hacia la que el Museo se abre».

En tercer lugar, alaba «la sensibilidad topográfica con la que se relaciona con el resto de la ciudad y su entorno más inmediato. Asimismo, destaca el modo metafórico con el que el Museo establece una relación con la geografía de los yacimientos y la trinchera». Y finalmente, de cara al futuro, los 9 hombres que decidieron el proyecto del Complejo de Caballería ya advertían de que «será bueno que el desarrollo del proyecto incida especialmente en el ajuste del tamaño».

2 ) Cruz y Ortiz: Dudas sobre la escala y el tamaño

La idea de Antonio Cruz y Antonio Ortiz consistía en un potente edificio de formas dentadas con múltiples accesos a los distintos servicios del proyecto, distinguiendo así el Museo del Auditorio y Palacio de Congresos. Pero para el Jurado perdía fuerza porque «lo que en principio es la idea generadora del proyecto -la unidad formal del conjunto- acaba planteando dudas sobre la escala del edificio propuesto y su relación con el entorno y con el tamaño habitual de los edificios públicos de la ciudad».

3) Steven Holl: Una forma orgánica inviable

Su edificio de formas libres y orgánicas «evocadoras del mundo ancestral de la prehistoria» constituía una «pieza monumental  llena de energía y grandiosidad». En efecto, evocaba una galería subterránea con ramificaciones. Sin embargo, quienes lo analizaron mostraron su preocupación «por el gran tamaño del conjunto de la operación y sus dudas sobre la viabilidad del espacio público resultante en los espacios porticados de la planta baja, ocupada en buena parte por superficies de agua».

4) Arata Isozaki: Demasiado impacto sobre el río y el tráfico

El japonés fragmentó su intervención en cinco piezas independientes que afectaban a parte de la margen izquierda del río, el área próxima a las Carmelitas Descalzas y la medianera de la calle San Pablo. Su edificio era flexible y atractivo desde el punto de vista estético, concitó numerosas simpatías populares y aun así el jurado advirtió que no valoraba «suficientemente la importancia del paseo arbolado junto al río, así como el impacto que tendría el tráfico rodado de lo que hoy es el Paseo de la Sierra de Atapuerca. La edificación adosada a las tapias del Convento de las Carmelitas resulta también problemática», dijeron. 

5) Jean Nouvel: Espectacular pero poco realista

La suya era una propuesta de arquitectura espectáculo incluyendo un gran atrio, un centro comercial y todo ello oculto a la manera de gran cueva, evocando Atapuerca, situada en el interior de una colina artificial que ocupaba prácticamente la totalidad del solar. Los encargados de valorarla detectaron «algunos evidentes problemas de viabilidad técnica y económica, así como el paralelismo entre instituciones culturales y comerciales», así como «la falta de conexión de los espacios de trabajo con el ambiente exterior» que constituía «una importante limitación».

Hipólito García (expresidente del Colegio de Arquitectos y miembro del jurado): «No nos equivocamos» 

Uno de los firmantes del acta, Hipólito García, rememora 20 años después aquel debate  como «muy arquitectónico» sin polémicas «pero interesante» porque había que valorar múltiples aspectos desde puntos de partida muy distintos. «No fue difícil llegar a elegir el ganador porque era la propuesta mejor resuelta arquitectónicamente y la que daba una respuesta más interesante a la ciudad».

A día de hoy asegura García: «No nos equivocamos en la elección, debemos felicitarnos por ello y el resultado ahí está, es un gran edificio con un carácter unitario y una pieza que ordena un ámbito importante, donde cada vez que se visita se descubren cosas nuevas». Por poner una pega, admite que le gustó «menos» la obligación posterior de partir en tres lo que inicialmente era un único edificio, con el fin de distribuir los gastos entre las  administraciones que financiaron CENIEH, MEH y Fórum.