El Ayuntamiento no solicitará la ayuda del 1,5% Cultural para actuaciones de rehabilitación de patrimonio histórico ofertada para este año por los ministerios de Cultura y Fomento y prefiere esperar a la convocatoria de 2021 con el objetivo de concurrir con un "buen proyecto" para continuar con la intervención en el Monasterio de San Juan.

El concejal de Fomento, Daniel Garabito, ha mantenido contactos con técnicos ministeriales y ha considerado "más sensato" esperar un año para presentar una propuesta que realmente tenga posibilidades y evitar lo sucedido en  hasta en tres ocasiones en las que finalmente se denegó. "Las convocatorias van a ser anuales, de modo que tiene más sentido preparar un proyecto a conciencia para el Monasterio de San Juan y así tener más opciones de éxito". 

Garabito indicó que el Ministerio les ha trasladado que sus técnicos asesorarán a las instituciones que quieran concurrir y el Ayuntamiento ha tomado nota para ir trabajando en el proyecto. "Ahora no tenemos la documentación adecuada para tener éxito este año".

El programa del 1,5% Cultural es uno de los instrumentos del Estado para garantizar la conservación del patrimonio histórico, cultural y artístico. En la convocatoria de este año se destinarán 20,5 millones y la concurrencia es competitiva. 
Burgos ha optado hasta en tres ocasiones para el Monasterio de San Juan. En las dos primeras el principal escollo estuvo en que la titularidad del inmueble era del Ministerio de Cultura aunque el Ayuntamiento corría con los gastos de conservación. En noviembre de 2018 tras muchas gestiones la ciudad consiguió la cesión definitiva.

El edificio es un destacado elemento de la arquitectura religiosa de la ciudad cuya importancia histórica motivó que en 1944 fuera declarado Monumento Histórico-Artístico, convirtiéndose años más tarde en Bien de Interés Cultural (BIC).
A principios de los años 60 se encontraba en estado de ruina y fue objeto de diversas intervenciones menores, que consolidaron el edificio (en parte con algunas reconstrucciones y añadidos) y le dotaron de un nuevo uso como museo municipal. En los años 80 se realizó una rehabilitación parcial del monasterio, que consistió en la reconstrucción de la zona ubicada en la parte sur de la fachada principal, convirtiéndola en módulo de acceso al museo, y el patio-jardín situado al oeste del claustro. Durante los años 90 se realizaron diversas obras de consolidación de muros y reparación de cubiertas inclinadas.

En 2015 se hizo una gran intervención con la instalación de una cubierta sobre el espacio exterior de los restos de la antigua iglesia, que recibió diversos reconocimientos entre los que destaca el premio Europa Nostra 2017.
espacio cultural. La segunda fase de remodelación se inició en mayo del año pasado con el objetivo de modernizar el inmueble y lograr un espacio cultural y museístico más funcional y moderno con una inversión de 2 millones a cargo del Ayuntamiento distribuidos en tres anualidades. Tras el arreglo de la espadaña y la limpieza de parte de la fachada, en la actualidad se está procediendo a la instalación de una cubierta de madera en el claustro, lo que permitirá su uso durante todo el año. 

También se están realizando obras en el interior como nuevos aseos en la planta sótano, sustitución de las carpinterías del claustro, un nuevo solado en el patio y nuevas instalaciones de climatización del recinto. La previsión es que concluyan en primavera.