Hablar de la peste en la Edad Media e incluso en siglos posteriores es tratar de la muerte, del miedo, de la ausencia y de la economía. Son muchas las noticias que recogen algo relacionado con estas epidemias y sin embargo los testimonios no son suficientes para vislumbrar todo su alcance. Aunque fueron las grandes plagas de peste bubónica o negra, en 1391, 1565 y 1599 las más dañinas y mortales, hubo otras pestilencias que plagaron de mortandad la ciudad de Burgos. Cada pocos años, no hubo década que se salvara, se sucedían una tras otra, como demuestran los documentos de la catedral.
Encontramos las primeras noticias en el año de 1400, poco sabemos por los documentos de la de 1391, de la que se culpó a los judíos. Para defenderse de la peste, el cabildo y todos los sirvientes de la catedral que podían permitírselo, se marchaban, aunque no se conocía lo que causaba el contagio se intuía la necesidad de ponerse a salvo fuera de la ciudad, antes de que se clausuraran sus puertas. Villayerno, Cardeñuela, Tardajos y otros pueblos de alrededor eran los lugares de destino preferidos. Se situaban guardas en las puertas de las murallas, que impedían el paso a todos aquellos sospechosos de estar enfermos. A esto contribuía el cabildo económicamente junto al Ayuntamiento, para pagar a estos guardas y lo que fuera menester. Este año de 1400 se daba permiso a todos los prebendados que querían irse de la ciudad por la gran mortandad que había. Igual ocurría en 1435, y en 1455 se disponen tres plegarias implorando el cese de la peste. Se rezaron en los conventos de San Pablo, San Francisco y San Agustín, en honor respectivamente de San Vicente, San Bernardino y la Pasión de Cristo.
No mucho después, en 1466, se declara otra plaga especialmente virulenta, y ordena el cabildo que todos se confiesen y que se celebren procesiones en el monasterio de San Juan, en San Agustín y San Ildefonso, y avisa al Concejo para que participe y que vayan todos descalzos, con candelas encendidas -no entraremos aquí en lo que suponían para el contagio de una epidemia las reuniones multitudinarias-. Ordena también el cierre de las puertas de la Catedral desde la doce de la mañana y por la tarde después de las Completas. Tantos canónigos y prebendados se ausentaron esta vez que la catedral quedó desasistida, y fue necesario redactar uno de los primeros estatutos de tiempos de pestilencia, en el que se declaraba que los canónigos podían marcharse durante los dos meses de recreación que les correspondían anualmente, pero más allá de estos dos meses cada capitular perdía dos reales de su prebenda. Para disuadir de la ausencia se afectaba al bolsillo, aunque el permanecer pudiera suponer la muerte.
Este mismo año encontramos en las Actas Capitulares una noticia (que recoge C. Polanco en uno de sus estudios) en 18 de julio de 1466, sobre una receta para curar y evitar la peste, que Pedro de Aranda, entonces arcediano de Palenzuela, había obtenido de su hermano, el arzobispo de Monreale, advirtiendo que la receta era muy rica en ingredientes y hierbas y por lo tanto cara. Aun así el cabildo manda que se consiga y que se prepare para que la tuviera en su casa cada capitular, para él y los suyos, y que se entregara también a otros clérigos, y que se dispusiera todo el dinero necesario. Pese a la receta y todos los esfuerzos en el mes de agosto aún había muchos ausentes del coro y todavía se seguían celebrando plegarias y un voto de no comer carne en la vigilia de la Concepción y su festividad. Se hace preciso añadir al estatuto de la pestilencia que, los que están fuera de Burgos, no puedan ganar las maitinadas si no asisten también a la procesión y vienen dos días antes y se quedan otros dos días después. A partir del 10 de septiembre de 1466 se instituye que cada ausente pierda 10 maravedíes diarios cada día que esté fuera. Finalmente el 22 de septiembre de 1466 manda el cabildo que el día de San Miguel regresen todos los ausentes para atender la iglesia, y que al menos acudan turnándose de 20 en 20 días.
En 1467 aún se desaconseja a los beneficiados acudir a los Estudios de Gramática de Valladolid y Salamanca infectados por la peste, y Luis Garcés de Maluenda, canónigo y buen gramático, se ofrece a darles las clases. En septiembre de 1468 la peste asola de nuevo la ciudad, o quizá sea un nuevo brote de la anterior, pero se establece una ampliación de otros dos meses a los dos meses de recreación o vacacionales para evitarla.
De nuevo en 1484 el cabildo da permiso para ausentarse a todos los que lo deseen por haber otra vez peste en Burgos, eso sí, de forma que pierdan cada día un cuartillo de real de su prebenda, para repartir entre todos los que quedan.
El estatuto de la peste entraba en vigor una vez que los físicos y médicos de la ciudad declaraban la existencia de la enfermedad y terminaba cuando los mismos físicos daban un certificado de su fin «que dure el estatuto hasta que cese la plaga o la piedad de Dios Nuestro Señor tenga a bien alzar esta calamidad de pestilencia». Entonces el cabildo, o lo que quedaba de él, mandaba una carta a cada canónigo o beneficiado ausente para que regresara a residir en la catedral.
En un intento de evitar el cese de toda actividad económica, el 21 de enero de 1485 se pide que se alquilen por un año las casas de la calle Canonjía, casi todas vacías por los prebendados que se habían ido. Por supuesto se resentía todo comercio, decayendo toda actividad. Disminuía hasta el importe de la sisa del vino, porque éste no llegaba a la ciudad, y tampoco había gente para comprarlo. El domingo 4 de febrero de 1485 se celebra una procesión con cruces y un sermón para agradecer el fin de esta peste. Y sin embargo, en junio de este mismo año, es necesario establecer, con la vuelta de la pestilencia, un estatuto por el que se divide el cuerpo de canónigos y beneficiados en tres grupos, de forma que pudieran ir ausentándose de dos en dos meses por turnos, y permitiendo, aunque hubo voces en contra en el cabildo, que cada cual pudiera nombrar un sustituto. El 20 de junio de 1485 declaran los físicos la salud de la ciudad y dos días después se celebra una procesión al convento de San Agustín para agradecer su fin.
No sabemos qué tipo de pestilencia era ésta que incidía tan repetidamente cada pocos años, el cólera y otras epidemias también causaban estragos y éstas no estaban determinadas por las pulgas de las ratas sino más bien por la falta de higiene, de saneamiento y limpieza de la ciudad, donde aguas mayores y menores eran vertidas directamente en los ríos y esguevas que atravesaban Burgos. El río Merdancho, la corriente de agua que atravesaba toda la calle de la Cerrajería, actual Paloma, llevaba un nombre muy gráfico. Aunque se intentaron algunas soluciones: en el 1487 el cabildo, junto con el Regimiento de Burgos, contratan la limpieza de todas las plazas y calles de la ciudad, de forma que dos chirriones se lleven la basura fuera de las murallas, para asegurar la limpieza y evitar la pestilencia.
En 1501 es cuando en los documentos aparece mencionada por primera vez la peste de bubas o bubónica, peste negra, que tantas mortandades ocasionaba en toda Europa, y se decide no dar capas a los enfermos, para evitar el contagio, ya que las capas después se devolvían y daban a otros.
Avancemos a otra peste ocurrida en 1504, durante su transcurso se envía a un representante del cabildo y a otro del Regimiento de Burgos para que informen a los reyes de las necesidades de Burgos a causa de las epidemias. Y en 1505 el cabildo manda a sus diputados que pregunten a los físicos si la ciudad está aquejada por la peste. Y sí que la había, porque el estatuto de la pestilencia entra en vigor el 30 de mayo de ese mismo año con la consiguiente desbandada de los miembros del cabildo. Aún en 1507 y con el informe del doctor Melgar sobre la mesa, se impone a los que se ausentan por miedo a la pestilencia la pérdida de un cuartillo de real diario sobre su prebenda, y como en el siglo anterior, para repartir entre los que eran capaces de quedarse. También se disponía que si había algún tema importante que tratar en las reuniones capitulares, se avisara a los canónigos que estaban hasta a 10 leguas alrededor de la ciudad, y si no venían en tres días los asuntos se determinasen por los que sí estaban presentes.
Tan repetitivas son las epidemias que en 1517 se declara otra que alcanzará el 1518. El cabildo, ausente casi en su totalidad, se reúne en Cardeñuela. Se marchan hasta los cantores, pero un capellán de la capilla de los Condestables, Diego García de Céspedes, dispuesto a permanecer en la iglesia, deja escritas «considerando que se le podía llevar Dios por estar la ciudad infectada de pestilencia», junto con las cuentas de la capilla, algunas notas para tener en consideración, como el hecho de que aún se le debía el pago de un año de su maestría a Francisco de Colonia. Para tranquilidad de todos diré que Diego García de Céspedes no murió en esta ocasión, y llegó hasta 1545 siendo aún capellán de los Condestables.
El hecho de que la peste dejara vacía la ciudad de Burgos hizo que muchos de los que morían y tenían tiempo de hacer testamento, los firmasen ante cualquier testigo que se prestara a ello, porque no se encontraban notarios, y que después se consideraran plenamente válidos estos documentos. El s. XVI (ya estudiado por muchos autores como Brumont, López Gómez, Amasuno, Prieto, por citar algunos) es el siglo de las grandes mortandades. Una de las causas de la crisis económica y demográfica de Burgos fue la peste de 1564 que diezmó totalmente la población, y que estrenó el recién construido hospital de la Concepción, que vio atravesar por sus puertas carros llenos de enfermos y muertos. Venida desde los puertos franceses, y arrasando Aragón, se declaró en el barrio de San Esteban y despobló completamente los barrios altos de Burgos, ya en decadencia por la caída del comercio. El cabildo intentará huir a Tardajos y Arcos, que cierran sus puertas y no los admiten, y finalmente se celebrarán reuniones capitulares en Quintanapalla y en Villahoz. Murieron unas 10.000 personas.
La peste bubónica que devastaba Europa desde 1596, entrará por los puertos de Santander para alcanzar Burgos hacia 1599, y dejará un bagaje de 500.000 muertos en Castilla. En un informe de 28 de abril de ese año, los médicos Secada, Fernández, Ambrosio de Aguiar y el cirujano Lucas Vázquez «declaran pestilencia contagiosa y peligrosa y que a muchos ha acabado muy presto». El Dr. Fernández, para apoyar su opinión, manifestaba la declaración de Mercado, protomédico real, que había imprimido un tratado manifestando la existencia de cuatro tipo de pestes y ésta era una de ellas. Los médicos animaban a salir de la ciudad cuanto antes porque «era un mejor remedio ausentarse de principio se venían dichas señales (de la peste) porque después de extendida no era tan provechoso ni seguro huir del lugar donde la había». En esta ocasión no se retiene nada de las prebendas a los que marchan. La catedral quedó desamparada a la fuerza y el arzobispo pedía sacrificios allí donde estuvieran para pedir el fin de la epidemia. Esta vez es Covarrubias el lugar elegido por el cabildo, aunque la villa cierra sus puertas, negando entrada a los que lleguen de Burgos, hace una excepción con los canónigos. En 1601 el cabildo se niega a guardar las puertas de la muralla. Por estar la ciudad completamente empeñada y no poder pagar porteros, se había encargado a los vecinos de esta misión, con la peste ya declarada en Vitoria, Miranda de Ebro y Santa Gadea del Cid.
Aún en 1721 Felipe V pedía subsidios para mantener la guardia en los puertos de las costas españolas para evitar el contagio de la peste de Francia.
No hace falta un gran ejercicio de imaginación para pensar en el horror de una ciudad asolada por la peste. La literatura y el cine ya han dejado suficientes imágenes. En la tribuna del órgano de la capilla de la Presentación, dónde se albergaba la caja del órgano y sus fuelles, alguien dejó escritas en la pared las fechas de las grandes pestilencias que asolaron Burgos, como temeroso recuerdo o advertencia de tanto espanto.