Las guerras sobrevenidas por el control del Mediterráneo contra los musulmanes y la inseguridad de la navegación con los piratas berberiscos llevaron aparejadas un intercambio y apresamiento de prisioneros por ambas partes. La liberación y rescate de los rehenes en tierras musulmanas se convirtió pronto en una prioridad para los cristianos, y en la iglesia pronto nacieron las obras pías para la redención de cautivos. Mercedarios y trinitarios fueron las órdenes elegidas para llevar a cabo la liberación de los presos desde los s. XII y XIII.

En Al Ándalus, Túnez, Argelia y en todo el levante mediterráneo los frailes de ambas órdenes fueron los candidatos idóneos para realizar la mediación y los rescates de los apresados, que corrían el riesgo de ser vendidos como mercancía, y lo que era peor, convertirse al Islam y acabar como conversos.

Aunque no siempre terminaban los apresados en tierras lejanas, como cuenta Francisco Andújar Castillo; a veces los rescates eran rápidos y se hacían en la propia costa levantina. Los prisioneros no terminaban en tierras ajenas, aunque sí en alguna goleta a vista de tierra, a causa de alguna correría corsaria turco berberisca. En este caso el método de liberación empleado era diferente y se denominaba alafía, palabra árabe que significa implorar o clemencia, y una vez entregado el dinero, que se apresuraban a reunir sus familias, volvían a ser libres.

Durante toda la Edad Moderna se ha calculado que permanecieron cautivos en el norte de África 1.250.000 europeos, y según José Antonio Martínez Torres, entre el 1582 y 1690 los corsarios berberiscos capturaron 49.640 personas de Italia, Francia, España y Portugal.

Trinitarios y mercedarios, que operaron además de en España, en Francia y Portugal, elegían a los frailes mediadores que se encargarían de partir con todas las limosnas recogidas a procurar la libertad de los cautivos, en un viaje peligroso. El prior del convento de la Merced de Burgos solicitaba que se recibiera a los predicadores de las bulas e indulgencias que concedía el papa para ese fin, con la consiguiente recogida de limosnas.

Desde 1416 el abad de San Millán de Lara, dignidad de la catedral, dispone en su testamento que un tercio de sus bienes fueran destinados a la redención de cautivos cristianos. En 1440, y años posteriores, se suceden las limosnas de varios donantes al convento de la Trinidad.

En 12 de enero de 1445 en su testamento, Juan González de Yeles, canónigo, dispone de 100 maravedís para el convento de la Trinidad. Y en 27 de diciembre  de 1481 el convento de la Merced acepta las mandas testamentarias de Lope Sarmiento, vecino de Burgos. 

Pero serán los Condestables de Castilla los que darán el empuje definitivo a la recogida de limosnas en la catedral para la redención de cautivos con la fundación de una obra pía que se denominó del Arca de Redención de Cautivos, porque desde un principio todo el dinero se guardaría en un arca especial de hierro y madera firmes, de tres llaves y especiales cerraduras, que se colocó en la sacristía de la capilla de la Purificación o Condestables, de forma que cada una de las llaves estaba en manos del mayordomo de la capilla o su capellán mayor, del patrón de la capilla que era el Condestable de Castilla, quien solía delegarla al administrador de sus heredades en Burgos, y la tercera llave estaba en posesión de un canónigo de la catedral. Para abrirla y entregar a los mercedarios lo recogido debían reunirse las tres llaves a la vez, sus poseedores eran denominados los claveros del arca, y en una solemne ceremonia que precedía a la apertura, se entregaban todos los dineros recogidos al fraile redentor.

El 16 de marzo de 1489 el Condestable de Castilla, Pedro Fernández de Velasco, dejaba para la obra pía de redención de cautivos un privilegio de 100.000 maravedís de juro sobre los diezmos de la mar. Una renta cuantiosa que Enrique IV había cedido a la casa de Velasco en 1469, y que gravaba con un diez por ciento todo el comercio marítimo que entraba por los puertos del Cantábrico.

No fue la única aportación considerable, el obispo de Burgos, Íñigo López de Mendoza, dejó dispuesto en su testamento que todo lo que sobrara de sus bienes, después de cumplidas sus numerosas mandas, se guardara en el arca de redención de cautivos y se destinara a este fin.

El 10 de enero de 1527 el entonces Condestable, Íñigo Fernández de Velasco, dejó otros 50.000 maravedís de juro perpetuo para la obra pía, y Juliana Ángela de Aragón, duquesa de Frías, casada con su primo el condestable, mandaba en su testamento en 17 de junio de 1557, la nada desdeñable cantidad de 50.000 ducados para el arca de redención de cautivos; no en vano su padre Bernardino Fernández de Velasco había vivido de primera mano la guerra contra el infiel, luchando en Orán en 1508 y en Trípoli en 1509.

En 1548 fue rescatado Bernardino de Velasco, por 500.000 maravedís y de su rescate se ocupó el regidor de Burgos Gregorio de Polanco. Aunque de la casa de Velasco, no es éste el conde de Salazar que inmortalizara Cervantes en su Quijote así que queda ignoto el grado de parentesco que tenía este Bernardino con los Velasco, pero tuvo que ser muy cercano, por la cantidad de dinero que importó el rescate y lo mucho que se ocuparon de él.  

En 20 de mayo de 1562, Juan Suárez de Carvajal, obispo y abad de Santillana, predica un jubileo que se concedería el día de San Pedro, para obtener limosnas para la liberación de 4.000 cristianos que los turcos se llevaron de Menorca.

Una vez recogido el dinero en el arca, bien de las rentas fijas o de las limosnas, el condestable de Castilla otorgaba un poder y una libranza al fraile redentor para que pudiera cobrarlo presentándose con estos documentos ante los claveros del arca, que procedían a su apertura. Y también disponía el condestable dónde debía realizarse la liberación y a quiénes había que redimir. 

En 1631 el condestable Bernardino Fernández de Velasco (tuvieron poca imaginación a la hora de imponerse nombres) manda a los redentores con el dinero del arca a salvar cautivos a Larache y Ceuta. Además, el condestable hacía una lista con el nombre de los elegidos para ser liberados y daba lo que se denominaba una instrucción, que establecía cómo debía de llevarse a cabo la liberación. Las instrucciones (por citar algunas) de 8 de julio de 1667 y 12 de junio de 1693, dadas por el condestable Melchor Íñigo de Velasco, y la de José Fernández Velasco y Tovar de 26 de octubre de 1701, disponían que los redentores Bernardo de Santa Inés y Miguel de la Encarnación, trinitarios, marchasen a Argel y a cualquier otro lugar a rescatar primero a los niños y ancianos, siempre con preferencia a los cautivos que pertenecían a los estados de la casa de Velasco: Cuenca de Campos y Ojacastro; luego a los vecinos de los obispados de  Burgos, Calahorra, Palencia, León y Sigüenza, por este orden. Y si quedaba dinero para algún cautivo más, a los de las dos Castillas y Andalucía. En 29 de septiembre de 1750 la instrucción del condestable Bernardino Fernández de Velasco y Tovar encargaba la redención al trinitario Francisco de la Madre de Dios.

Las instrucciones disponían que los que iban a ser rescatados debían decir sus nombres, bajo juramento, ante el escribano de la redención, sus lugares de origen, dónde habían sido apresados y cuánto se había pagado por su rescate. Si eran niños menores debían prestar juramento por ellos bien sus padres o cualquier otro cautivo. La categoría de los prisioneros era muy importante a la hora de poder rescatarlos, y se les establecía por calidades, siendo siempre preferidos para los canjes y rescates aquellos que por su linaje quedaban bajo la custodia de personas principales, porque reportaban muchas ganancias. 

Los niños y las mujeres solían permanecer en casa de sus captores y el resto vivían como podían en los llamados baños, una especie de prisiones subterráneas, de donde salían para ser empleados como sirvientes, galeotes y todo tipo de trabajos, o pasar directamente a ser vendidos. Esos baños que inmortalizara también Cervantes y donde estuvo cinco años a su pesar.

Una vez que se completaba el rescate, los cautivos ya liberados, y siempre siguiendo las disposiciones de la Instrucción, eran conducidos a un puerto seguro y ahí, con permiso del virrey o de las autoridades, se celebraba una procesión, en la que participaban todos ellos con sus ropas de cautiverio, y donde se llevaba el estandarte con las armas de los Velasco y la imagen de San Andrés, que siempre fue patrón de esta casa, y se hacía un listado o nómina con los nombres de todos los rescatados que se ponía en las puertas de la iglesia del lugar, y de la que se daba una copia a cada rescatado, siempre con el escudo de los Velasco y la imagen de San Andrés encabezándola, y el nombre del fraile que había llevado a cabo a la redención debajo. Después se daba a cada liberado 4 reales para que pudiera poner rumbo a su casa.

Durante el tiempo que quedaron confiscados los estados del condestable bajo el poder real de Felipe V, es el rey quien nombra al ministro de los trinitarios al que se debía entregar el dinero del arca para que la liberación de cautivos continuase. (En otra ocasión quizá contemos por qué perdieron los condestables su título y sus posesiones).

Aún en el año de 1779 el mayordomo de la capilla de los Condestables gastaba 550 reales en forrar con hierro la puerta del lugar donde se guardaba el Arca de Redención, a la que se dotaba de nuevo con tres candados con sus llaves. Sin embargo, el dinero allí guardado ya no se aplicaba a la redención de cautivos. Desde 1795, por orden expresa de la duquesa de Frías, el dinero del arca se invertía en las rentas del tabaco, y ya en 28 de febrero de 1804, el arzobispo de Burgos, Manuel Cid Monroy, y el marqués de la Granja, José Víctor de Samaniego, integrantes de la Junta de Beneficencia, ordenaban a los patronos y claveros del Arca de Redención de Cautivos entregar todo el dinero y haberes para destinarlo al socorro de indigentes y pobres enfermos, dando fin de esta forma al origen del desempeño del Arca de Redención.