Fuese una cuestión de fe -y, con ello, de cohesión política-, fuese por motivos sociales -es conocida la inveterada animadversión de los cristianos hacia los judíos-, lo cierto es que la expulsión de estos tuvo a la postre connotaciones negativas para España, que no sólo perdió población en un momento en el que más necesaria era, sino también pujanza económica. En 1492 Sefarad, que así llamaba la comunidad hebrea a España, pasó a ser un sueño y Europa se llenó de nostalgia y de judíos que erraron por ella como si hubiesen nacido con el gen del destierro. Cuando esto sucedió, la aljama de Burgos capital era populosa y rica, la más importante sin duda del norte del país y la segunda de Castilla, por detrás de la de Toledo. La habitaban cerca de 150 familias, que venían a representar más del 10 por ciento de la población total de la ciudad. También había una importante presencia hebrea en lugares como Briviesca, Miranda de Ebro,Medina de Pomar o Villadiego, entre otras localidades de la provincia.
A diferencia de otras ciudades, las huellas físicas de la judería de Burgos apenas son visibles. Se asentó en el sector occidental de la ciudad, en el territorio que hoy ocupa parte del barrio de San Pedro de la Fuente, el Arco de San Martín y los Cubos hasta Fernán González. Según la historiadora Ana Isabel Ortega, la judería debió posee varias sinagogas, una de las cuales, acaso la más importante, se ubicaría cerca de la puerta de San Martín. Para hebraístas como el gran estudioso mirandés Francisco Cantera Burgos, una de las sinagogas de la ciudad pudo asentarse en la parte más alta, en el solar donde más tarde se construiría el templo cristiano de la iglesia de la Blanca.
La comunidad hebrea que estuvo asentada en Burgos fue muy activa. No sólo había banqueros o terratenientes, pertenecientes a la más alta esfera económica, sino ambién artesanos de todos los oficios, y su aportación social y cultural a la ciudad tuvo mucha importancia. El decreto de expulsión de los judíos, firmado por los Reyes Católicos en Granada el 31 de marzo de 1492, puso fin a siglos de convivencia -en los que hubo capítulos ciertamente violentos, como las masivas matanzas de finales del siglo XIV- y de prosperidad.
Como asegura la historiadora María Antonia Bel Bravo, la expulsión se produjo en el momento en que más hispanizados estaban los hebreos españoles, más cercanos a los monarcas. «Es ahí donde hay que buscar las raíces de hechos tan insólitos como la conservación por los sefardíes, durante cinco siglos, de su lengua hispánica, de su organización y costumbres propias, y de tantas y tantas cosas más. Este fenómeno (el sefardismo), no tiene paralelo entre los grupos expulsados de ningún otro país del mundo». El Gobierno está ultimando un proyecto para modificar el Código Civil con el fin de conceder la nacionalidad española a los sefarditas, esto es, a los descendientes de aquellos judíos que hace más de 500 años iniciaron su enésima diáspora.
Porque se fueron la mayoría (se calcula que en la actualidad hay cerca de tres millones y medio de sefarditas repartidos por todo el mundo). Aunque hubo quienes decidieron acogerse a una de las posibilidades que ofrecía el decreto: abjurar de su religión y convertirse al cristianismo, como habían hecho tiempo atrás, viendo que su comunidad iba cayendo en desgracia y era segregada, convirtiendo sus barrios en guetos, judíos burgaleses a la postre tan importantes como Abner de Burgos, rabino, escritor, astrónomo, astrólogo y médico, que tras abrazar la nueva religión se convirtió en Alfonso de Valladolid o Selemoh-Ha Leví, convertido en Pablo de Santa María, rabino, poeta e historiador que llegó a ser consejero del rey Enrique III y obispo de Cartagena y de Burgos.
unos pocos vestigios. Excavaciones arqueológicas realizadas en la zona occidental del cerro del Castillo pusieron al descubierto numerosas piezas de cerámica de los siglos XIII-XIV, algunas de las piezas eran judías: cuencos, jarras, tazas, platos, escudillas, azulejos o restos de un hanukiyot, lámpara de aceite con nueve candiles que se emplea en el ritual de la fiesta de la Hanuká. Lo más probable es que el subsuelo de esta zona esconda más vestigios de aquellos hijos de Sefarad.