Era de madrugada cuando la ciudad se encapotó. Relámpagos como no se había visto nunca antes rasgaban el cielo, seguidos por unos truenos imponentes que sacaron a más de un burgalés de la cama. Enseguida empezó a llover. Durante una hora, la tromba de agua y granizo fue bíblica, furiosa. Al cabo se volvió incontenible. Los ríos Pico y Vena abandonaron sus cauces primero por la extensa vega de Villímar, después por el Camino de la Plata y más tarde por los Vadillos. En torno a las diez de la mañana, con los comercios abiertos desde hacía un buen rato, el centro de la ciudad se había convertido en Venecia: Sanz Pastor, Santander, plaza de Prim (hoy Santa Domingo de Guzmán), plaza Mayor, Moneda, Almirante Bonifaz, San Lorenzo, Sombrerería... Para cuando los comerciantes tomaron conciencia de lo que estaba sucediento ya era tarde: el agua, incontenible, inundó sus locales sin remisión, por más que echaran la verja a la carrera. A las once de la mañana el centro de la ciudad era una enorme laguna, por más que los bomberos y la guardia urbana se afanaran en abrir las bocas de desagüe a pico y pala. Se cumplen ahora (sucedió el 5 de junio) noventa años de la última gran inundación de la ciudad, cuyo recuerdo permanece indeleble en los soportales del Ayuntamiento, junto con otras muescas de otras furibundas riadas que arrasaron Burgos sin clemencia.
Pese a la rápida actuación de bomberos, guardias y militares, que sólo consiguieron aliviar la inundación abriendo dos zanjas en el malecón del Espolón a la altura de los cuatro reyes para que las aguas se fueran al Arlanzón, nadie se salvó del desastre: los comerciantes y tenderos sufrieron pérdidas irreparables, y hubo decenas de familias que tuvieron que ser evacuadas de sus casas bien con camiones, bien con barcazas pertenecientes a la Compañía Santander-Mediterráneo, al propio Ayuntamiento e incluso la particular que a disposición de la causa puso Joaquín Tineo, que auxilió a varios vecinos de viviendas de las plazas de Prim y Mayor. En esta última el agua supero con creces el metro de altura: en el interior del Café del Círculo de la Unión, por ejemplo, no se veía siquiera la barra.
El Consistorio puso al servicio de los más damnificados la Casa de Refugio de San Juan, donde se preparó comida para quienes habín sido expulsados de sus casas por las aguas, y aunque el nivel fue rabajándose a medida que avanzaba el día, la corriente de era muy fuerte en la calle de San Lesmes, a la altura del puente de las Viudas, por donde se vio arrastrando árboles, tablones, somieres, colchones y otros enseres que revelaban el daño que había provocado la riada.
Aunque también el caudal del Arlazón tornó amenazante, las últimas obras de encauzamiento del río ayudaron a que éste no se desbordara, lo que hubiese generado un desastre mayor.
Cuando se retiró el agua el panorama era desolador. Dantesco. La viva representación del caos: los comerciantes y vecinos de las plantas bajas sacaron a la calle todos sus enseres, ofreciendo la viva imagen del desastre. La calle Santander, que se había convertido en cauce natural durante la riada, quedó hecha añicos, con toda la calzada y las aceras levantadas; de la Plaza Mayor no quedó rastro de sus jardines; el Espolón devino en avenida enfangada... Las huertas inmediatas a la capital, arrasadas... Las pérdidas, incontables. El impacto, se diría días después, había sido tan terrible como el de la otra gran inundación, la de 1874.
Encauzamiento del Vena. Si para algo sirvió la terrible inundación fue para que las autoridades se tomaran en serio la necesidad de encauzar los ríos Pico y Vena. Cuatro días después del desastre el Ayuntamiento de Burgos recibió un telegrama de la Dirección de Obras Públicas con la orden de que se comenzara el estudio del encauzamiento del Vena.Como recuerda el historiador Pablo Méndez en su imprescindible libro Burgos siglo XX. Cien años de luces y sombras, fueron de enorme importancia las medidas de diversas instituciones locales para paliar las enormes pérdidas causadas por la catástrofe, con el Consistorio a la cabeza: en un anuncio en la prensa, la Alcaldía solicitaba a los labradores y hortelanos del término municipal que se personasen en el Ayuntamiento con la nota de la cuantía perdida por las aguas, con el fin de solicitar al Gobierno los auxilios precisos.
Asimismo, la Cámara de la Propiedad Urbana se dirigió a los propietarios de fincas urbanas en el mismo sentido, «y lo propio hizo la Cámara Oficial de Comercio e Industria, quien recomendó a los comerciantes e industriales de la ciudad que hicieran cuenta de las pérdidas para concretar las indemnizaciones que habían de solicitarse». De igual manera, se pidió al presidente del Consejo de Ministros que concediese una moratoria de 30 días para los propietarios de negocios para que pudiesen hacer frente a los pagos y evitar la ruina.