El cabildo de Burgos gozó siempre, por bulas papales, de jurisdicción propia. Directamente dependiente de la Santa Sede, no tenía que rendir cuentas a los obispos de Burgos. Tenía la potestad jurídica, civil e incluso criminal sobre todos los miembros capitulares, capellanes, empleados y sirvientes de la Catedral. En 13 de abril de 1369 el obispo de Burgos, Juan Sánchez de las Roelas, aprobaba las constituciones capitulares y manifestaba que la Catedral de Burgos estaba inmediatamente supeditada al Papa, imponiendo la excomunión a quién lo incumpliera.
No obstante el tema de la jurisdicción fue siempre muy controvertido y a lo largo de los siglos gestó numerosos pleitos y pendencias con los sucesivos obispos y arzobispos. En 1516 la Rota Romana inhabilita al obispo Juan Rodríguez de Fonseca y a sus provisores, empeñados en castigar los delitos de los prebendados de la Catedral. En 1558 el cabildo pleitea con el arzobispo Francisco de Mendoza y Bobadilla, que irrumpe en una sesión capitular y por la fuerza se lleva al capellán de los Condestables, Diego González de Rueda. No sabemos qué hizo este capellán para ganarse así la antipatía del obispo, pero poco después, y una vez encerrado en la cárcel del Husillo (de la que luego hablaremos) los hombres armados del obispo intentan echar abajo la puerta de este lugar y llevarse a rastras al capellán a la cárcel de Santa Pía, la cárcel arzobispal situada en el propio palacio. No lo consiguieron y lo que sí hubo fue un pleito de varios años.
Para ejercer su justicia el cabildo nombró desde muy pronto a los llamados jueces de las Cuatro Témporas. Estas eran los tiempos litúrgicos que marcaban su comienzo con las estaciones del año, determinando periodos de ayuno, penitencia y otros ritos. Los jueces son denominados así porque eran elegidos en número de tres, dos canónigos y una dignidad capitular, cada vez que transcurrían las Cuatro Témporas del año. Su nombramiento seguía el orden establecido en las sillas de los dos coros, el del arcediano de Burgos y el del deán entre los mayores de 25 años. Aparecen desde el año 1457, pero es en 1497, en un momento en el que se considera que no se están corrigiendo debidamente los malos comportamientos, cuando se establece por estatuto que estos jueces castiguen y corrijan todo tipo de delitos y excesos cometidos por el clero y dependientes de la Catedral, tanto las injurias verbales, blasfemias, como las peleas, con armas o sin ellas, la incorreción en el hábito clerical, los juegos de naipes y de apuestas que llevaran implícita cantidades importantes de dinero, las rondas y francachelas, el portar armas, adulterios, concubinatos y vida licenciosa, y el incumplimiento del servicio en el coro o de las funciones que cada cual tenía asignado a su título o función. Los jueces debían prestar juramento ante un escribano manifestando que pospondrían todo odio, afición o parcialidad y las penas debían ser proporcionales a los excesos cometidos. Tenían facultad para realizar informaciones con testigos y si la pena iba a exceder de una multa de 300 maravedís, podían llamar a declarar a los implicados, y castigar con prisión, destierro de la ciudad e incluso alguna pena corporal si era necesario. Durante todo el s. XVI el lugar de audiencia de los jueces fue el llamado Poyo de San Cristóbal, probablemente estaba bajo el mural del santo que se encuentra tras la puerta del Sarmental, aquí se citaba a los encausados y se dictaba sentencia.
Aunque en la Catedral hubo dependencias habilitadas como cárcel en las torres, en la llamada casa del Comunal en la puerta de Santa María, y otros lugares, la prisión más utilizada, que ya hemos mencionado, fue el Husillo. Situado sobre la antigua Espadería, la torre del Husillo se puede ver aún hoy, como resto del sobreclaustro que ya no existe. Allí, en este tercer piso, hubo varias cámaras y habitaciones utilizadas como vivienda o librería, sobre todo en la época del obispo Luis de Acuña. La utilización como cárcel alcanzó largos siglos y por ella pasaron arcedianos, abades y otras dignidades capitulares, canónigos, beneficiados, capellanes y sirvientes varios. Los capellanes de las diferentes capillas fueron a su pesar asiduos ocupantes de este lugar. Son tantas las noticias y vicisitudes que han deparado las cárceles catedralicias que no tendríamos espacio para tratarlas. Y es que al Husillo se llegaba, como veremos, por todo tipo de delitos.
En 1497 el capiscol Garci Ruiz de la Mota tiene el dudoso honor de ser condenado al Husillo, aunque pocos días después se le confina en su casa. Podían permanecer en prisión desde unos pocos días hasta largas temporadas. Por estas fechas el capellán Salinas es condenado a dos días por insultos y, el canónigo Francisco Rodríguez, a otros tantos por llevar espada. En 1537 Diego López de Salcedo pide a los jueces que le dejen salir del Husillo, porque ha echado a la mujer que tenía en su casa. En 1542 se amenaza a Francisco de Villadiego con dos meses de prisión en el Husillo, dos meses de destierro y 10 ducados de multa si continúa teniendo tratos con Juana de Velasco. El carnicero Pedro de Ángulo acusaba de adulterio al clérigo Andrés Zamarro, por enredarse con su mujer Susana Ortiz. No será común en los casos de concubinato que aparezca el nombre de la mujer implicada, por ejemplo en 1539 se le manda al racionero Andrés de Medina devolver las llaves del Husillo, por haber una denuncia sobre ciertas mujeres que subían a él.
A veces, los capitulares, imbuidos de su propia valía y dignidad,desoían y hacían caso omiso de los jueces, como el arcediano de Lara, Fernando de Miranda, que el 1 de mayo de 1556 se protegía en la misma Catedral con hombres de armas para evitar su arresto y encierro en el Husillo.
Las cárceles capitulares tuvieron también cepos y grilletes para aumentar el castigo y penitencia de los que delinquían. El encargado de conducir a los penados al Husillo solía ser el portero de la iglesia. En 1547 se manda al portero, Diego López, conducir al capellán del número, Pedro Zúñiga, al Husillo, y ponerle los grilletes. A veces los jueces tenían clemencia, el juez Diego de Pesquera, permite que el capellán del número Juan de Guinea guarde cárcel en su casa por ser el día de Reyes y estar enfermo, pero le emplaza a que vuelva después.
Por no cumplir con las obligaciones del coro se condena, en 15 de octubre de 1524, a todos los capellanes de la capilla de la Visitación a la cárcel del Husillo, además debían pagar 5 ducados cada uno por las horas del coro a las que no habían asistido, y otros 7 ducados por haberse atrevido a elaborar unos estatutos donde declaraban que solo asistirían al coro una hora por la mañana y otra por la tarde. El único capellán que se salvó, por estar enfermo, fue Juan García de Cerezo, al que se dejó ir a dormir a su casa.
En 1725 son 11 los capellanes del número a los que se manda al Husillo, del que tenían que salir para ir derechos a prestar servicio en el coro, y luego volver a él, por haberse negado a acompañar el cadáver del arcediano de Santo Domingo de la Calzada hasta el convento de San Pablo.
Cuando el Husillo tenía demasiado tránsito se usaban como dependencias carcelarias las cámaras de las torres. En 1591 estaba de obras y se condena a los capellanes Juan del Águila y Pedro de Valencia a permanecer encerrados en una de las torres con campanas, con el portero Juan de Angulo de guardia.
Son muchas las veces en las que los presos piden clemencia por las condiciones insalubres del Husillo, demasiado frío, demasiado calor, y sobre todo demasiado húmedo. Durante un tiempo se le conoció como la cámara verde, quizá por el moho. También sabemos que en un crudo invierno burgalés la nieve entró por las ventanas ocupando casi media estancia para horror del que estaba allí encerrado. Con cierta sorna y ensañamiento el abad de Salas pide a los jueces en 1510, que no permitan salir de prisión al canónigo Juan de Lerma, por ser el Husillo uno de los lugares «más salubres» de toda la ciudad. El abad se vengaba por haber salido malparado en una trifulca ocurrida en la iglesia con este Juan de Lerma y sus hermanos. En 1558 el tesorero Juan de Santa Cruz Cárcamo pide guardar cárcel en su casa, por estar enfermo y afectarle mucho el calor. Para esto los médicos capitulares debían aportar un certificado de salud, que se podía o no tener en cuenta.
También había fugas, en 11 de noviembre de 1512 el abad de San Millán se escapa del Husillo, descerrajando la puerta de la cámara donde estaba encerrado y la puerta que salía al Comunal, hoy Santa María. Y también escapó de allí el beneficiado Diego de Valencia, poniendo en un aprieto al portero Diego de Angulo, encargado de su custodia.
Ser clérigo u hombre de iglesia en esta época no distaba tanto de la vida de un seglar: tener sirvientes, portar armas, llevar cabalgaduras, o en otro plano ser un jugador, pendenciero o mujeriego… todo ello dependiendo de la capacidad pecuniaria de cada cual y de la nobleza de su cuna. En unos siglos convulsos, donde las guerras y disputas entre reyes y facciones nobles marcaban el devenir, las preferencias de los capitulares y otros miembros de la iglesia se repartían igualmente entre unos y otros, por lo que las pendencias verbales o agresiones no eran infrecuentes. A los desórdenes del clero intentó poner remedio el Concilio de Trento y ya antes el concilio de Aranda en 1473, reformas que se sucederán continuamente hasta el Concilio Vaticano II.