La decisión más importante de todas se tomó en unos pocos meses (tras un debate de varios años) pero condicionará el desarrollo urbanístico, social y económico de la ciudad de Burgos durante décadas. La elección del desvío en lugar del soterramiento generó intensas discusiones hasta que se dio por cerrada y a día de hoy todavía quedan nostálgicos que preferían ocultar el tren bajo tierra y mantener su trazado, frente a la opción ya ejecutada de construir una circunvalación ferroviaria y desplazar la estación. Alejar la terminal ha sido, sin duda, el gran precio a pagar por el desvío.

Los motivos para elegir el desvío fueron técnicos y económicos. Los estudios que en 1997 manejaba el Ayuntamiento apuntaban a que el soterramiento era más caro y mucho más complejo, pues había que mantener la circulación mientras se construía por una zona muy estrecha. Además, no quedaba garantizada ni la supresión de todos los pasos a nivel (el de Santa Dorotea, por ejemplo) ni la eliminación de la barrera en Capiscol.

Nadie sabrá nunca si habría sido posible o no en Burgos, cuánto habría costado en tiempo o en dinero, pero lo cierto es que los ejemplos de otras muchas ciudades españolas confirman que hacer desaparecer las vías no es sencillo. Sin ir más lejos, en el caso de Valladolid, la ciudad lleva un par de décadas esperando un soterramiento que se reaviva de cuando en cuando y que se ha estimado recientemente en alrededor de 400 millones de euros.

León capital, por su parte, estrenó en septiembre de 2021 un soterramiento parcial, de alrededor de 600 metros, que no elimina por completo la barrera ferroviaria de la ciudad aunque sí en la parte más cercana a la estación. Para hacerlo realidad ha habido que recortar lo que se imaginó hace unos años.