La celebración de la feria de estocaje de las asociaciones de comerciantes Centro Burgos y Zona G, celebrada el último fin de semana de febrero, evidenció la entrada de agua al patio exterior del monasterio de San Juan más allá de lo que suele resultar habitual dado que la cubierta que no está completamente cerrada, dificultando así el desarrollo de la muestra, tal y como denunciaron ambas entidades. Esto trajo consigo la intervención de los bomberos el mismo día de la inauguración del evento al ser reclamados por el alcalde, Daniel de Rosa, que se encontraba presente en lugar, por las goteras que caían  en dicho espacio monumental. 

El cuerpo municipal procedió a la revisión y limpieza de los sumideros, pero el problema persistió puesto que los organizadores advirtieron de «goteras contantes» una vez finalizada la cita comercial. Además, puso de manifiesto que el agua del deshielo, procedente de la nieve acumulada durante esa semana, permanecía en la cubierta y se filtraba por las juntas al carecer de caída los canalones, además de que en el interior de la torre del cenobio que da acceso a la espadaña se acumulaban excrementos y palomas muertas, recomendando en este sentido su limpieza, tal y como explica Rosario Pérez Pardo, presidenta de la Gerencia Municipal de Cultura y Turismo, quien también hace referencia a la necesidad se sellar alguna de las juntas.

El asunto se debatió en la Junta de Gobierno de la semana pasada, donde se acordó, según Pérez Pardo, requerir una actuación en la zona a la sección municipal de Patrimonio para que «comience a gestionar la redacción de un pliego de cláusulas técnicas que permita el arreglo de la parte afectada». En este sentido, precisa que su departamento, de quien depende el inmueble, «carece de competencia» y medios para poder llevar a cabo una intervención o de ocuparse de las tareas de mantenimiento.

Tras el parte inicial de los bomberos, la concejala explica que se les solicitó un informe más exhaustivo, que ya está manos municipales, y atribuye directamente el problema a una «falta de mantenimiento», teniendo en cuenta, además, que se trata de cubierta prácticamente nueva que se inauguró hace cinco años. «Los técnicos de Patrimonio serán los que tendrán que valorar el arreglo», añade la edil en referencia a la cuantía del mismo, al tiempo que avanza que durante la citada reunión solicitó también la confección de un pliego de conservación no solo de este edificio, sino de todos los inmuebles que dependen del Ayuntamiento de la capital.

En julio de 2020 culminó la segunda fase de rehabilitación del monasterio de San Juan, donde se han invertido más de 3,4 millones en los últimos siete años. Esta incluyó el cerramiento del claustro con una cubierta acristalada, recuperándose así un espacio para la realización de actividades culturales e institucionales y dando continuidad a una primera intervención que afectó, precisamente, a las ruinas de la antigua iglesia, donde se instaló la estructura de tubos de acero revestida en su exterior de vidrio y acabada con láminas de madera en el espacio interior. Además de estas dos actuaciones, el cenobio se encuentra a la espera de una tercera para la que se ha convocado un concurso de ideas que está pendiente de resolución. La obra afectará al interior del inmueble para su adecuación como espacio museístico que acoge de nuevo las obras de Marceliano Santa María.