Prácticamente toda la madera de las cubiertas de la Catedral fue eliminada entre 1965 y 1980 pero no siempre fue así. El templo burgalés también ha sufrido los efectos del fuego a lo largo de su historia, aunque tal y como recuerda la Diócesis de Burgos en su página web, no afectaron afortunadamente a su estructura central, sino al antiguo Palacio Arzobispal pegado al templo, que fue demolido a comienzos del siglo XX por el arzobispo José Cadena y Eleta.

El primero de ellos se produjo en 1591 y dañó irremediablemente toda la documentación medieval que allí se custodiaba. Sin embargo, el obispo don Mauricio -el impulsor de la actual joya gótica- había decidido ya en 1220 separar los legajos propios de la Catedral y su cabildo de aquellos archivos obispales, por lo que se quemó solo esta última parte, aunque de mucho valor histórico al tratarse de escritos medievales.

El segundo incendio, mucho más cercano y conocido históricamente, tiene por culpables los mismos que destrozaron las vidrieras originales del templo -salvo el rosetón de la Puerta del Sarmental- durante la voladura del Castillo. Los soldados franceses durante la invasión napoleónica. Miembros del Ejército galo provocaron el 22 de noviembre de 1812 un fuego que devoró "expedientes de órdenes sagradas, listados de sacerdotes fallecidos y libros de contabilidad, fundaciones o expedientes matrimoniales, entre otros", según explica la Diócesis.