Esta provincia es desde hace décadas el reducto más importante de cangrejo autóctono o ibérico de Castilla y León, ya que en sus ríos y arroyos están atrincheradas 33 de las 46 poblaciones documentadas en la Comunidad. Este es uno de los datos, el más importante, que se desprende de los resultados obtenidos en el marco del Plan de Monitorización del estado de conservación de la Biodiversidad en Castilla y León, que incluyó una revisión de las poblaciones de cangrejo ibérico (Austroptamobius pallipes) en toda la región con unos resultados que no invitan al optimismo puesto que esta especie sigue en claro retroceso en todas las provincias, incluso en esta. 

La población actual del cangrejo ibérico en esta provincia supone el 72 % del total de la Comunidad, un porcentaje que evidencia el importante papel de los ríos burgaleses en la conservación de esta especie. La mayor parte de las 33 poblaciones de cangrejo autóctono inventariadas en la provincia se localizan en el ámbito de los espacios naturales protegidos y espacios Red Natura 2000, como es el caso de los Montes Obarenes, Sabinares del Arlanza, Hoces Alto-Ebro y Rudrón, y la Zepa y Zec denominada Humada-Peña Amaya. 

En el plan de monitorización se muestrearon un total de 195 arroyos y ríos en la Comunidad, haciendo el mayor esfuerzo de prospección en la de Burgos con 127 puntos de muestreo, un 65% del total, ya que aquí se vienen realizando seguimientos periódicos de las poblaciones de cangrejo desde los años 80 del siglo pasado por lo que se amplió significativamente el número de lugares a prospectar con el fin de revisar el mayor número de puntos con presencia histórica de cangrejo ibérico. 

Los resultados arrojaron un total de 46 poblaciones de cangrejo autóctono en Castilla y León, localizándose la especie únicamente en cinco provincias: Burgos, Soria, Palencia, Valladolid y Ávila. Es decir los núcleos en los que está acreditada la presencia del cangrejo autóctono, están en claro retroceso en la región. Desde el anterior censo regional, realizado hace trece años, la especie ha desparecido en dos provincias Segovia y León y ha quedado como muy residual en las de Ávila, Palencia y Valladolid. 

En el caso de la provincia de Burgos la reducción en el número de núcleos y ejemplares, aunque preocupante, es más moderada que en otras zonas de la Comunidad habiéndose perdido del orden de 30% de las poblaciones desde 2009. Como aspecto positivo resaltar que se ha consignado la recuperación de algunas poblaciones que se consideraban desaparecidas y que en algunos tramos se mantienen abundancias similares a las encontradas hace trece años y estructuras poblacionales con buen reclutamiento de ejemplares. 

A medio y largo plazo, apuntan los técnicos del Servicio Territorial de Medio Ambiente de Burgos, se plantean trabajar activamente en la recuperación de algunas poblaciones desaparecidas en la provincia en los últimos años y en la creación de reservorios naturales de cangrejos ibéricos con el fin de conservar esta especie en aquellos puntos en los que ha sobrevivido a las enfermedades.

En la provincia, a la vista de los muestreos realizados, según indican desde Medio Ambiente, más del 80% de las estaciones de muestreo con cangrejos ibéricos se encuentran localizadas en arroyos y el 12,5% en ríos; de manera que apenas el 6% están en masas de agua artificiales (pozos o fuentes).

El cangrejo ibérico, indican los expertos, puede ocupar ambientes acuáticos muy diversos, desde cursos de montaña a tramos medios, lagunas, embalses, charcas, pozos, manantiales e incluso canales artificiales, pero en la actualidad, «lo cierto es que se encuentra atrincherado principalmente en pequeños y medianos arroyos, charcas y manantiales permanentes en zonas de cabecera de cuenca de litologías carbonatadas», en el caso del territorio burgalés, señalan las mismas fuentes.

Amenazas. En líneas generales los cangrejos ibéricos sobreviven en lugares aislados del resto de la red fluvial, bien por barreras físicas (azudes, presas o cascadas) o por tramos que quedan en seco algún periodo del año lo que les protege de la llegada por dispersión de los cangrejos americanos, y de la propia enfermedad de la afanomicosis, causante principal de la desaparición del cangrejo ibérico de la mayor parte de los ríos y que constituye su amenaza principal. 

Otras amenazas constatadas y que pueden llegar a ser críticas, aseguran desde la Junta, «son la falta de agua en los cauces durante el estiaje y el furtivismo y, en menor medida, el pisoteo de pequeños cauces (ganado y personas). 

Los trabajos de campo fueron llevados a cabo por los Agentes medioambientales y celadores de Medio Ambiente de la Comunidad de Castilla y León y coordinados en cada provincia desde el correspondiente servicio territorial.

Prioridad 'muy alta'. Respecto a los niveles de protección a escala europea el cangrejo ibérico se encuentra incluido en la Directiva de Hábitats de la CEE, mientras que a nivel estatal esta especie está incluida en el Catálogo Español de Especies Amenazadas (CEEA) con la categoría de 'vulnerable'.

En cuanto a la protección a nivel regional, tiene un estatus legal variable en función de la comunidad autónoma. 'En peligro de extinción' es el estatus para aquellas que tienen catálogo regional menos Cantabria y Castilla La Mancha que lo consideran 'vulnerable', al igual que en Castilla y León, mientras que las demás comunidades no tienen catálogo propio y toman la catalogación genérica del CEEA como 'vulnerable. Además, varias comunidades cuentan con un Plan de Recuperación o Conservación, como Aragón, La Rioja y Navarra. 

En Castilla y León esta especie de cangrejo cuenta con un Plan Básico de Gestión y Conservación de los Valores Red Natura 2000 al tratarse de una especie de conservación prioritaria (prioridad regional 'muy alta') en el contexto general de la Red Natura 2000.