La Confedaración Hidrográfica del Ebro (CHE) detecta en el Aluvial de Miranda de Ebro problemas de contaminación vinculadas a la actividad humana. Una situación que no se da en el otro acuífero que se localiza en la ciudad, el de Pancorbo-Conchas de Haroq ue es de donde se extraé el agua para dar suministro a la ciudad, con una media diaria de 10.000 metros cúbicos en cada jornada.

Sin embargo, en la masa de agua subterránea vinculada al río principal de la cuenca, el diagnóstico que se hace se reconoce que se ha detectado «contaminación por hidrocarburos, compuestos nitrogenados, materia orgánica y alta salinidad». Además, también existe una significativa presión industrial y urbana, procedente «de agua residual urbana sin depurar», se indica por parte de a CHE.

Desde la Confederación también destacan que en el aluvial existen «importantes extensiones de cultivo», con una superficie de ocupación de estas explotaciones del 92%, lo que debido a las filtraciones provoca «contaminación difusa por nitratos de origen agrícola». Con todo esto se concluye que se trata de un acuífero que se cataloga como «vulnerable a la contaminación de origen superficial».

En cuanto al nivel que mantiene en la actualidad, la CHE explica en primer lugar que el aluvial tiene un «comportamiento típico de acuífero conectado con el río». Una circunstancia que hace que en verano cuente con un menor nivel respecto al invierno, aunque este mes de julio se mantiene en picos altos debido a las lluvias primaverales.