En la iglesia de San Juan Bautista de Aranda de Duero se sitúa la segunda parte de la actual exposición de las Edades del Hombre, cuyo comienzo está en la parroquia de Santa María. El templo de San Juan estuvo abierto al culto como parroquia hasta 1966, desde 2004 es Museo de Arte Sacro. En 1982 fue declarado Monumento Nacional por acuerdo de Consejo de Ministros. Canónicamente la actual parroquia de San Juan de la Vera-Cruz, situada en la Avenida del Ferial, es continuidad de la antigua parroquia. San Juan está en la parte más antigua de Aranda y se calcula que ya desde el siglo XI se situaba allí un lugar destinado al culto.

La iglesia actual, mezcla de muchos estilos arquitectónicos de distintas épocas, se conforma con el aspecto actual durante el siglo XIV, aprovechando elementos constructivos preexistentes y partiendo de un proyecto mucho más ambicioso del que finalmente se llevó a efecto. Probablemente la construcción de la iglesia de Santa María hizo desechar la idea inicial de que San Juan tuviera mayores dimensiones. En la etapa de construcción de la nueva iglesia está muy extendido el gótico pero los artistas locales siguen aplicando formas de construir más propias del Románico. La portada principal es bastante posterior, probablemente de finales del siglo XV. Ésta fue construida en dos etapas muy distintas. Primeramente se conforma de portada con 9 arcos concéntricos principales en los que se insertan otros 18 de menor sección, que nacen de un capitel corrido ricamente decorado con elementos vegetales y figuras fantásticas. El cuadro se delimita con dos finas agujas y el conjunto está coronado en la parte superior con una moldura curva en la que se alternan símbolos y bolas. Precisamente, frente a esta portada, se encuentra la Casa de las Bolas, que debe su nombre a jugar con el mismo elemento decorativo.

En la portada de San Juan, a finales del siglo XVII o principios del XVIII, se acomete una reforma creando un dintel que acorta el arco ojival y en el que se aloja la imagen de San Juan Bautista. Éste aparece vestido de forma austera, tal como nos cuentan los evangelios: con una piel de camello, ceñido con un cinturón de cuero. En su mano izquierda porta un libro, como símbolo de su condición de profeta, sobre el mismo aparece un cordero. Tal como nos recuerda la exposición de Las Edades del Hombre, el cordero es el símbolo de Cristo y alude a que fue San Juan el primero que lo señaló con las palabras: «Este es el cordero de Dios (Ecce Agnus Dei)». La mano derecha de la imagen se encuentra mutilada pero probablemente señalara al cordero. El fondo de la imagen es un paisaje desdibujado que alude al desierto donde se retiró San Juan. La fotografía que se reproduce junto a estas líneas de la portada fue realizada en 1940 por el doctor Francisco Layna Serrano para su publicación Las iglesias de Aranda de Duero.

Como titular de la parroquia, San Juan Bautista, también es protagonista de algunas representaciones del interior del templo. En el retablo de la capilla de las Calderonas, del primer tercio del siglo XV, aparece con un libro en su mano izquierda y con la mano derecha señala un cordero que tiene a sus pies. En esta representación se cubre con un manto rojo, aludiendo a que murió mártir. El altar mayor también está dedicado a San Juan Bautista y es un curioso ejemplo de reutilización de elementos artísticos de distintas épocas. El retablo es tardobarroco, con elementos propios del neoclasicismo. Es de sobrio diseño y las columnas y demás elementos decorativos, desde el deseo de emular el arte grecolatino, asemejan el mármol y el jaspe. Esta impresión es falsa ya que está construido con madera a la manera tradicional. Los artistas del momento decidieron integrar los relieves del anterior retablo gótico y para darle ese aire neoclásico del retablo los repintaron con una capa monocolor para que también pareciera mármol. Estos relieves son del primer tercio del siglo XVI y se encuentran dentro del círculo artístico burgalés de Vigarny. Los relieves representan distintas escenas relacionadas con la vida de San Juan Bautista: su predicación, el encuentro con Jesucristo y el bautismo de Jesús en el río Jordán. En la parte inferior se representa la degollación del precursor y cómo su verdugo deposita la cabeza en una bandeja. En otro relieve aparece Salomé con la cabeza de San Juan Bautista. El retablo es coronado con un Calvario con San Juan Evangelista y la Virgen María, debajo hay otra representación de San Juan Bautista. Más abajo hay una imagen de la Virgen del Carmen que es la única escultura que data del mismo momento de la construcción del retablo. Este retablo fue ejecutado por los maestros arquitectos Antonio de Oria y Vicente Berrojo. El dorador se llamaba Trifón Jiménez y cobró en 1793 la cantidad de 12.000 reales por dorarlo y jaspearlo, los arquitectos percibieron una cifra más reducida: 1.400 reales. El mecenas principal, gracias al que se pudo construir el nuevo retablo, fue Antonio Jiménez. No obstante tuvo que acabar de pagarlo la propia parroquia con licencia verbal del obispo de Osma, Antonio Tavira. La fotografía del interior de San Juan, que reproducimos y en la que se ve perfectamente el retablo mayor, fue hecha entre 1925 y 1930 por el  alemán Georg Weise. Estaba haciendo un reportaje sobre Arte español para el estudio ‘Foto Marburg’.

La iglesia de San Juan tuvo mucha importancia hasta el siglo XV, prueba de ello es que en él se celebra el Concilio de Aranda de 1473, con presencia de las principales autoridades eclesiásticas del Reino. Las muchas familias hidalgas de las calles occidentales de la villa contribuyeron con sus bienes al mayor esplendor del templo, rivalizando con la nueva parroquia de Santa María. De los años posteriores se conservan testimonios de los muchos y variados conflictos que existían entre ambas parroquias. Es curioso el debate constante que se planteaba sobre si en los actos tenía preeminencia el párroco de San Juan o el de Santa María. El de San Juan aludía al carácter primado de esta parroquia por ser de fundación más antigua. El de Santa María aludía a que ésta era la principal de Aranda y la que más feligreses tenía.