Nació en Zamora en 1960, está casado y tiene tres hijas. Ingresó en la Escuela Superior de Policía en 1980. Entre 1982 y 1992 desempeñó diversos cometidos en Barcelona, sobre todo en la Policía Judicial (Robos y Delincuencia Internacional). Fue trasladado como profesor al Centro de Formación de Ávila. Estuvo al mando de la Brigada de Seguridad Ciudadana de La Coruña, pasó por Salamanca (Unidad de Coordinación Operativa) y fue Comisario en Palencia antes de llegar a Burgos en 2007. Es presidente de la Sociedad Española de Criminología y Ciencias Forenses.

Manuel Javier Peña Echeverría cambia la avenida Castilla y León por la Albericia de Santander; los rigores del clima burgalés por la brisa del mar Cantábrico. Su despacho tiene vistas al mar, ahí es nada. Pero asegura que echará de menos el frío. «Burgos lo fabrica», bromea. Ha vivido en muchas ciudades, pero ésta es una de las que «más carga personal» le deja. Reconoce haber hecho «muy buenas amistades» y haber «disfrutado» de su centro histórico en sus largos paseos.
Burgos por Cantabria. ¿Gana con el cambio?
Profesionalmente es un ascenso. Es otra situación, es una Comunidad autónoma, con las responsabilidades que supone representar al Cuerpo en una región como jefe máximo. Tengo que ganar con el cambio. Si no gano es porque lo hago mal.
¿Cómo le han recibido en  esa Comunidad (tomó el jueves posesión de su nuevo cargo)?
He estado solo dos días. Me ha llamado la atención el cariñosísimo recibimiento y la cantidad de gente (instituciones, asociaciones, representantes políticos) que asistió a la toma de posesión en un acto convocado con muy poco tiempo.
¿Sus atribuciones como jefe superior de la Policía de una región serán muy distintas de las que tenía aquí como comisario?
No son distintas. Lo que ocurre es que eres último término.  Las responsabilidades en Seguridad Ciudadana, Policía Judicial son parecidas. La diferencia son las dotaciones y que no tienes el apoyo de unidades de otras provincias, como aquí ocurría con Valladolid. En Cantabria las gestionaré, porque dependen de mí.
¿Cómo califica sus años como comisario de Burgos?
Burgos ha sido para mí una etapa personal y profesional muy interesante y satisfactoria. He logrado crear, con la gente que me ha rodeado, un buen clima de trabajo, de sintonía y de mejora que ha sido bueno para todos.
Durante estos años, desde 2007 -cuando accedió al cargo- la plantilla ha crecido hasta los 300 agentes. ¿Es la cifra óptima para atender esta ciudad?
Sí. Estamos en las cifras óptimas. Hemos desarrollado todas las unidades necesarias. Los servicios son los adecuados y los indicativos son buenos.
El Gobierno ha anunciado una disminución al 10% de la tasa de renovación de agentes. ¿Teme una reducción a medio plazo de la plantilla que merme la capacidad de respuesta?
Depende del tiempo al que se extienda esta tasa de reposición.  Tenemos la fortuna de haber tenido un crecimiento fabuloso en la primera década de este siglo. Además, se han retrasado las edades jubilación, lo que ralentiza la pérdida de efectivos en bastantes años. Estoy seguro de que cuando empiece a notarse esta pérdida estaremos en una situación en la que se normalice el ritmo de ingreso en los cuerpos de seguridad.
Se han reforzado brigadas, se han creado unidades nuevas como la UPR. ¿Qué áreas habría que seguir fortaleciendo?
Nosotros debemos tener una respuesta inmediata y continua a lo que sucede. Los cambios y los refuerzos nos los indica la situación criminal que hay en cada momento. La organización ahora está bien, pero puede que el año que viene haya que introducir modificaciones.
La violencia juvenil en zonas de ocio ha concentrado buena parte de los esfuerzos de la Comisaría. ¿Se trata de un fenómeno que solo se solventa con presencia policial?
Es un problema de comportamiento, de educación. La Policía tiene que evitar que haya peleas. Si no lo logra tiene que lograr que no sean graves y actuar. Pero no es una violencia criminal al uso. Es una violencia social.
¿Considera que las cámaras de videovigilancia contribuirán a reducir el número de casos?
Las cámaras cumplen el papel de observancia. Habrá gente que se vea reprimida. Pero habrá otros que, dado su estado, no se darán cuenta de que están. Pero tendrá sus resultados.
En las agresiones o peleas  con graves consecuencias, la Policía ha detenido a los culpables y éstos han pasado por los tribunales. ¿Qué opina del veredicto del jurado sobre la muerte de Jonatan Gómez?
Mi parte era detener a los autores, aportar el mayor número de  pruebas y llevarlos ante la Justicia. Y lo hemos hecho.
Se va satisfecho con la labor realizada, ¿en qué ámbito?
Hemos avanzado en modernizar nuestra organización interna. Hemos mejorado los flujos de comunicación en el trabajo. Y, sobre todo, me satisface nuestra presencia y nuestra actuación en la calle. Estoy contento también con el rejuvenecimiento de la plantilla.
¿Qué le hubiera gustado hacer y no ha hecho?
Me hubiera gustado consolidar algún puesto de trabajo. En el debe y el haber, me voy más satisfecho que pesaroso.
¿De qué investigación está más satisfecho?
De las más recientes, fueron muy interesantes los interrogatorios del caso Isabel Barroso [la joven de 27 años que murió de dos puñaladas asestadas por su ex novio en Severo Ochoa en abril de 2010]. Esta Comisaría goza de un grupo fabuloso de investigadores, que aplica técnicas muy difíciles, como las entrevistas a detenidos. Hay más, por ejemplo la resolución de la muerte del transexual Linsy Acosta [apuñalada en 31 ocasiones por un toxicómano pamplonés en octubre de 2009]. Y hay que acordarse también de Cristina Ramos Maté, la mujer que mató a su madre y a su hijo en Legión Española [agosto de 2009]. Detuvimos a la autora sin tener constancia de la desaparición, partiendo solo de comentarios de vecindad.
¿Alguna espina clavada?
El que conoce toda la ciudadanía. En la parte que me toca entono el ‘mea culpa’.
¿Habla del triple crimen de la calle Jesús María Ordoño [caso heredado, pues no era comisario cuando tuvo lugar]?
Sí, podríamos hablar de ese crimen. Todo lo demás está resuelto. Esa es la espina, claro.
¿Se lleva el dosier del caso que guarda bajo la mesa a Cantabria para darle vueltas?
Lo dejo al que venga.
¿Cómo ha sido su relación con la Guardia Civil?
Ha sido buena, de leal colaboración. Hemos cooperado en todo lo posible, prestando nuestra ayuda a la Comandancia en todo lo que ha necesitado tras el atentado de la casa cuartel.
¿Y con la subdelegada de Gobierno?
La de esta Comisaría y la mía personal ha sido una relación excepcional. Ha sido muy fácil trabajar con ella.