La estación depuradora de aguas residuales (EDAR) de Villadiego garantiza un sistema de depuración de calidad para una población equivalente -agrega la población residencial con la componente industrial y ganadera del municipio- de 2.100 habitantes. Las aguas residuales se interceptan y transportan a la planta de tratamiento mediante dos emisarios de 350 metros y 150 metros de longitud por cada margen del río Brullés. Se han dispuesto aliviaderos en los entronques de estos colectores con el saneamiento del municipio con objeto de evacuar directamente al río los excesos de caudal generados en episodios de lluvia. La línea de agua consta de un pozo de gruesos dotado con cuchara bivalva para la retirada de los residuos gruesos y flotantes, de un bombeo de agua bruta mediante tres bombas sumergibles y del tamizado de finos con un equipo rotativo auto limpiante. El agua, una vez desbastada, es conducida a un tanque de hormigón de 300 metros cúbicos y mediante el sistema de aireación prolongada, se realiza el tratamiento biológico de las aguas residuales. Después del tratamiento se envía a un decantador secundario circular de 6,7 metros de diámetro y 3,50 metros de altura en el que se produce la separación de la materia viva y en forma de flóculos que decanta en la parte inferior y del agua clarificada en la superior.

El agua clarificada es conducida al río Brullés, tal y como establece la Directiva Europea, y el fango, una vez deshidratado, se utiliza para fines agrícolas. El recinto de la EDAR se encuentra en una zona elevada para proteger la planta de las crecidas del río y cuenta con un edificio que incluye las zonas de control y funcionamiento de la estación con dependencias de servicios, cuadros eléctricos y sala de control.

Burgos por encima de la media regional en depuración de aguas. La Junta de Castilla y León, en colaboración con el MAGRAMA, está realizando un importante esfuerzo inversor en la mejora de la calidad de las aguas en la Comunidad y, en concreto, en Burgos. Esta provincia alcanza en estos momentos un porcentaje de depuración del 98,30 % de la población equivalente de la provincia y, con las obras en construcción, llegará al 99,36 % por encima del 97 % de la media autonómica.

La extensión de los sistemas de depuración en la Comunidad viene condicionada por las singulares características territoriales, poblacionales y medioambientales de Castilla y León debido a la gran extensión territorial, el alto grado de dispersión poblacional y el enorme valor natural teniendo en cuenta que una cuarta parte del territorio está incluido en la Red Natura 2000.

La Junta y el Gobierno de España están colaborando para alcanzar la plena depuración de las aguas mediante el protocolo para la ejecución del Plan Nacional de Calidad de las Aguas que considera primordiales las actuaciones relativas a la depuración de localidades de más de 2.000 habitantes equivalentes y las asociadas a la eliminación de nutrientes en depuradoras ya ejecutadas. De un total de 201 instalaciones, 163 ya están finalizadas o en ejecución.