Manuel Pérez Mateos subraya que «no se puede confundir la parte por el todo» ni generalizar y defiende la universidad pública como una de las instituciones con mayores sistemas de control. El máximo responsable académico acompañó en su visita a Burgos a la presidenta de las Cortes, Silvia Clemente, quien abogó por esperar los resultados de las investigaciones abiertas sobre el master de la presidenta de la comunidad de Madrid.